药剂种类和投加量要求严格：气浮澄清器在运行过程中，通常需要投加絮凝剂和助凝剂等药剂来帮助悬浮物凝聚和形成易于上浮的絮体。不同的污水水质需要选择合适的药剂种类，并且对药剂的投加量要求也比较精确。例如，如果药剂选择不当或者投加量不足，悬浮颗粒可能无法有效凝聚，导致气浮效果不佳；而投加量过多，不仅会增加处理成本，还可能使絮体过于庞大而影响气泡的附着，降低分离效率。

药剂成本和管理问题：药剂的使用增加了处理成本。而且，药剂的储存和投加系统需要一定的空间和维护管理，例如，絮凝剂和助凝剂需要合适的储存条件，防止受潮、变质等情况。同时，药剂的投加设备需要定期检查、校准，以确保准确投加。

设备结构复杂部件易损：气浮澄清器的结构相对复杂，包含溶气系统、气浮槽、释放器等多个部件。其中，溶气系统的溶气罐、空压机等设备以及气浮槽内的释放器等部件容易出现故障。例如，溶气罐内的压力控制装置可能出现失灵情况，导致溶气效果不稳定；释放器可能会因为水中杂质的堵塞而影响气泡的正常释放。

维护工作专业性和频率高：设备的维护需要专业的技术人员和一定的技术知识。定期维护工作包括检查溶气系统的压力、流量，清理释放器的堵塞物，检查刮泥装置等。例如，气浮槽内的刮泥装置如果出现故障，可能会导致污泥不能及时清除，影响气浮效果，并且需要定期对其进行润滑、检查链条的松紧度等维护工作。

水质波动对气泡稳定性的影响：尽管气浮澄清器对水质有一定的适应性，但当水中含有大量表面活性剂、油脂等物质时，会对气泡的稳定性产生较大影响。表面活性剂会降低液体的表面张力，使气泡容易破裂，从而影响气浮效果。例如，在一些含有高浓度洗涤剂的生活污水或工业废水处理中，需要先对表面活性剂进行预处理，否则气浮澄清器很难达到理想的处理效果。

特殊水质需要特殊预处理：对于一些特殊水质，如高硬度水或者含有大量重金属离子的污水，可能需要进行特殊的预处理。例如，高硬度水可能会导致在气浮过程中产生水垢，影响设备的正常运行和处理效果，需要先进行软化处理；含有重金属离子的污水可能会与药剂反应产生难以上浮的沉淀物，也需要先进行化学沉淀等预处理。

对溶解性污染物去除能力有限：气浮澄清器主要是去除水中的悬浮固体和部分油脂等污染物，对于溶解性的有机物、离子等污染物的去除能力相对较弱。例如，在处理化工废水时，对于溶解在水中的有机小分子化合物或者重金属离子，气浮澄清器很难将它们去除，需要后续的深度处理工艺，如生化处理、离子交换等。

出水水质可能不符合严格标准：在一些对出水水质要求非常严格的场合，如某些电子工业的超纯水制备的前置处理或者饮用水的深度净化，仅靠气浮澄清器的处理可能无法满足水质要求，还需要结合其他高级处理技术，如反渗透、超滤等，来进一步提高水质。